Unter dem Motto „Europa in neuer Verfassung“ fand der 50. Ordentliche Kongress am 23. und 24.10.2004 in Bonn statt. Vor dem Umzug des Generalsekretariats nach Berlin sollte es eine symbolische Geste an die Bundesstadt sein, den Jubiläumskongress in dem Ort abzuhalten, wo jahrzehntelang die Geschicke der Europa-Union Deutschland gelenkt und die wesentliche Arbeit für den Bundesverband geleistet wurde. Die 200 Teilnehmer aus dem gesamten Bundesgebiet und den europäischen Nachbarstaaten erlebten eine inhaltlich anspruchsvolle, arbeits- und erfolgreiche Tagung mit interessanten Diskussionen.
Dass die Arbeit der Europa-Union ihre Anerkennung findet, wurde in den Grußworten von Bürgermeister Helmut Joisten, der Leiterin der EU-Kommissionsvertretung in Bonn, Barbara Gessler, und der Präsidentin der Europäischen Bewegung, Dr. Monika Wulf-Mathies, deutlich. Mit ihren politischen Ansprachen lieferten Elmar Brok MdEP und Jo Leinen MdEP wichtige Impulse für eine intensive und konstruktiv geführte Debatte zu einem „Europa in neuer Verfassung“. Mit Persönlichkeiten und Experten aus Politik und Wissenschaft wurden in drei Arbeitsgruppen aktuelle Fragen und künftige Herausforderungen erörtert und entsprechende Politikkonzepte entwickelt.
Die Ergebnisse der inhaltlichen Diskussion fanden ihren Niederschlag in 12 Positionspapieren und Sachbeschlüssen, darunter eine Stellungnahme zum Verfassungsprozess, ein Appell an die Föderalismuskommission, die Forderung nach Vereinfachung der Grenzkontrollen für EU-Bürger und nach EU-Initiativen zur Abschaffung der Roaming-Zuschläge im Mobilfunk.
Die höchste Auszeichnung des Bundesverbandes, die Europa-Union-Medaille in Gold mit Stern, wurde anlässlich des Jubiläumskongresses Magdalene Hoff, Prof. Dr. Heinrich Schneider, Arno Krause, Manfred Däuwel und Max Wratschgo verliehen. Zu den Geehrten gehörten auch Otto Wolff von Amerongen und Prof. Claus Schöndube.